总体来说，深圳公司注册，和广州公司注册流程基本相似，最大的区别是：

深圳公司注册是全流程（股东法人等提供U盾通过网上申请），广州公司注册目前还是窗口递交资料的流程。
 

另外，还有地址方面有一些区别：

深圳是用租赁凭证、场地使用证明；广州注册的地址资料：房产证，产权证明，租赁合同备案登记书。

广州对于地址的要求会严格很多，如果被发现虚假注册，会罚款很重。